Carlos José de Habsburgo (em alemão: Karl Joseph) (7 de agosto de 1649 – 27 de janeiro de 1664) foi um Arquiduque da Áustria e Grão-Mestre dos Cavaleiros Teutônicos (1662–1664). Ele também foi Bispo de Olmütz, e Breslau, Passau.
Carlos José nasceu em 7 de agosto de 1649, em Viena, filho de Fernando III e Maria Leopoldina. Destinado a uma vida no clero, foi nomeado Bispo de Passau e Olmütz com apenas 13 anos de idade, seguindo os passos de seu tio Arquiduque Leopoldo Guilherme. Ele também se tornou o Grão-Mestre da Ordem Teutônica.
Apesar disso, ainda havia fortes rumores de que Carlos José poderia se casar com sua sobrinha Margarida Teresa da Espanha, que já estava noiva de seu irmão Leopoldo, e caso o futuro rei Carlos II da Espanha morresse, então Margarida e Carlos José se tornariam os próximos monarcas espanhóis. O fato de o jovem arquiduque ser católico e Habsburgo o tornava completamente aceitável para a corte espanhola, que nunca aceitaria um membro de outra dinastia e muito menos um protestante como candidato a casamento para Margarida Teresa. De qualquer forma, os rumores sobre um casamento entre a Infanta espanhola e o arquiduque não deram em nada e Margarida permaneceu noiva do Imperador Leopoldo.
Devido à sua juventude, Carlos José não pôde obter ordens superiores como bispo. Ele morreu aos 14 anos em 27 de janeiro de 1664, em Linz, Áustria, exausto de lutar contra uma doença. Seus restos mortais foram transportados por navio para Viena, onde foi sepultado na Cripta dos Capuchinhos em 21 de fevereiro de 1664.