Francisco Barreto (Faro, 1520 – Sena, 9 de julho de 1573) foi um militar português que se distinguiu pela expedição militar que comandou tendo como alvo as minas do Império Monomopata.
Era filho segundogénito de Rui Barreto, alcaide-mor de Faro e de sua mulher Branca de Vilhena, da casa dos Melos alcaides de Olivença.
A sua linhagem tinha-se distinguido por gerações na defesa do Algarve, desde que o seu antepassado Gonçalo Nunes Barretto assumira o cargo de alcaide de Faro e comandante militar do Algarve. O seu irmão mais velho, Nuno Rodrigues Barreto herdou o cargo de alcaide de Faro e as propriedades da família na Quarteira. Como filho segundo, sem herança, Francisco Barreto seguiu a carreira militar, embarcando para a Índia em 16 de novembro de 1547, no comando de uma pequena frota, com o propósito de, como mais tarde escreveria em carta a D. João III, "criar uma reputação entre os nobres, de forma a melhor servir sua Majestade".
Mais tarde, em 1552, foi enviado para Cochim a fim de controlar o comércio da pimenta que a guerra impedia de ser embarcada nas naus portuguesas.
Em 16 de Junho de 1555 assumiu o cargo de 18.º Governador da Índia, em substituição de D. Pedro Mascarenhas, entretanto falecido.
«E não havendo mais de que oito dias, que o Governador estava de posse, succedeo a mór perda, e desaventura, que nunca a India teve, e foi, que vespera de S. João, já de noite, lançou hum homem hum foguete de humas casas, junto a nossa Senhora do Rosario, que o demonio encaminhou pera a ribeira das Armadas, e foi cahir sobre o galeão S. Mattheus, que estava varado, cuberto de palha, que tomou logo fogo com tanta braveza, que foi espanto; e como estava a balravento dos mais galeões, que estavam varados tambem junto delle, e o vento era rijo, foi-se pegando o fogo de galeão em galeão com tamanho estrondo, e terremoto, que parecia que se assolava toda a Cidade. O Governador vendo aquelle incendio, acudio á ribeira com todos os Fidalgos, moradores e soldatesca que havia (…). E foi esta diligencia que poz, tal, que foi parte pera se salvar toda a mais Armada? Durou este incendio toda aquella noite, e o dia seguinte, em que se queimáram, e consumíram seis galeões Reaes, quatro caravelas, e duas formosas galés, cousa que todos sentiram muito, porque era a mór força que o Estado tinha.»
No seu governo na Índia, opôs-se à aplicação plena das políticas da contra-reforma, como se pôde observar no seu apoio à comunidade hindú de Goa, na sua resistência a políticas eclesiásticas persecutórias e, antes da chegada da Inquisição a Goa, na não aplicação de medidas contra as comunidades judaicas e cristãs-novas de Cochim e de Goa.
Manteve-se no cargo até setembro de 1558, partindo de Cochim, em viagem de regresso ao reino, a 28 de janeiro de 1559, pretendendo chegar a Portugal ainda nesse ano.
A sua viagem foi porém extremamente acidentada, só tendo conseguido chegar a Lisboa muito mais tarde, devido a contratempos de toda a ordem. Em abril, foi forçado a parar em Moçambique, para reparar o seu navio. Depois de ter conseguido pagar todas as despesas das reparações, bem como a manutenção dos fidalgos que o acompanhavam, seguiu viagem em novembro; mas um segundo naufrágio obrigou-o a voltar a Moçambique. Comprou um novo navio e dirigiu-se de regresso a Goa, não sem primeiro, confirmando a sua reputação de gostar de extravagâncias, percorrer a costa suaíli na procura de um animal exótico, que pudesse oferecer de presente ao rei D. Sebastião.
Quando finalmente chegou a Goa, em maio de 1560, foi entusiasticamente recebido pelos fidalgos que compunham o séquito do novo vice-rei, D. Constantino de Bragança. Teve também a honra de ser convidado para padrinho cristão de dois renomados médicos hindus. O vice-rei teve em conta os desastres que haviam assolado a sua viagem e ofereceu-lhe a quantia de 4 mil pardaus, bem como um novo barco para poder seguir, finalmente, até Portugal.
A 20 de dezembro partiu para Lisboa, onde chegou a 13 de junho de 1561, ou seja, quase três anos após a sua primeira partida de Cochim.
Foi recebido com grande entusiasmo, pois anos sem qualquer notícia a seu respeito tinham criado em Portugal a convicção de que havia falecido entretanto.
A regente na menoridade de D. Sebastião, Catarina de Áustria, recebeu-o "com muitas honrarias, não só pela qualidade e valor da sua pessoa, como também pelos muitos serviços que havia prestado aos reis de Portugal". Na ocasião, Barreto ofereceu à rainha uma jóia do Ceilão português, com fama de fazer milagres, que D. Catarina apreciou ao ponto de passar a usá-la sempre.
Em Portugal foi nomeado general das galés do reino até 1569, ano em que foi enviado para Moçambique como governador de Monomotapa para conquistar as minas de ouro.
O rei D. Sebastião solicitou um parecer prévio sobre a expedição à Mesa de Consciência e Ordens, onde os jesuítas tinham grande influência, que emitiu uma opinião de carácter vinculativo.
Nele se estipulava que o principal objetivo deveria ser a evangelização do Monomotapa, além de procurar fazer justiça ao assassínio do missionário português Gonçalo da Silveira, vitimado no Monomopata anos antes. A Mesa de Consciência estipulou que Portugal teria legitimidade para declarar guerra ao imperador do Monomotapa Negomo, se este não aceitasse cumprir quatro condições, a saber: expulsão dos muçulmanos da sua corte, entrega dos responsáveis pelo assassinato de Gonçalo da Silveira, reconversão do soberano à fé católica, que havia entretanto abjurado, e entrega aos portugueses de terras, tributo e ouro, em compensação pelos custos da expedição.
O parecer da Mesa de Consciência foi incorporado na ordem régia e Barreto recebeu ainda um regimento (que detalhava essa ordem), cujo conteúdo se perdeu. Pairando sobre tudo, havia o objetivo de encontrar minas de ouro, que pudessem ajudar a resolver as dificuldades financeiras da coroa.
A jornada de Francisco Barreto ao Monomotapa é vista como a primeira grande expedição organizada ao interior de Moçambique, no século XVI.