Johann Heinrich Heidegger (1 de julho de 1633 – 18 de julho de 1698), teólogo suíço, nasceu em Bäretswil, no Cantão de Zurique.
Estudou em Marburgo e em Heidelberg, onde se tornou amigo de J. L. Fabricius e foi nomeado professor extraordinário de hebraico e, posteriormente, de filosofia. Em 1659, foi chamado para Steinfurt para ocupar a cadeira de dogmática e história eclesiástica, e no mesmo ano tornou-se doutor em teologia por Heidelberg.
Em 1660, revisitou a Suíça e, após casar-se com Elisabeth von Duno, viajou no ano seguinte para a Holanda, onde conheceu Johannes Cocceius. Retornou em 1665 a Zurique, onde foi eleito professor de filosofia moral na Universidade de Zurique. Dois anos depois, sucedeu Johann Heinrich Hottinger na cadeira de teologia da Universidade, que ocupou até sua morte, tendo recusado em 1669 um convite para suceder Cocceius em Leida, bem como uma chamada para Groningen.
Heidegger foi o principal autor da Formula Consensus Helvetica em 1675, que foi concebida para unir as igrejas reformadas suíças, mas teve efeito contrário. Wilhelm Gass o descreve como o mais notável dos teólogos suíços da época.
Seus escritos são em grande parte polêmicos, embora sem amargura, e em boa parte voltados contra a Igreja Católica Romana.
De historia sacra patriarcharum exercitationes selectae (1667–1671)
Dissertatio de Peregrinationibus religiosis (1670)
De ratione studiorum, opuscula aurea, &c. (1670)
Historia papatus (1684; sob o pseudônimo Nicander von Hohenegg)
Manuductio in viam concordiae Protestantium ecclesiasticae (1686)
Tumulus concilii Tridentini (1690)
Exercitationes biblicae (1700), com uma biografia do autor prefixada
Corpus theologiae Christianae (1700, editado por J. H. Schweizer)
Ethicae Christianae elementa (1711)
Vida de J. H. Hottinger (1667)
Vida de J. L. Fabricius (1698)
Sua autobiografia apareceu em 1698, sob o título Historia vitae J. H. Heideggeri.
O Manual da Bíblia de Heidegger está atualmente sendo traduzido pela From Reformation to Reformation Translations e está disponível online.