Johannes Cocceius (Bremen, 9 de agosto de 1603 — Leiden, 5 de novembro de 1669) foi um teólogo neerlandês.
Depois de estudar em Hamburgo e na Universidade de Franeker, onde Sixtinus Amama era um de seus professores, tornou-se em 1630 professor de filologia bíblica no Ginásio Ilustre em sua cidade natal. Em 1636, ele foi transferido para Franeker, onde ocupou a cadeira de hebraico, e de 1643 a cadeira de teologia, até 1650, quando sucedeu o ancião Friedrich Spanheim como professor de teologia na Universidade de Leiden.
Seus principais serviços como estudioso oriental estavam no departamento de filologia e exegese hebraica. Como um dos principais expoentes da aliança ou da teologia federal, ele espiritualizou as escrituras hebraicas a tal ponto que foi dito que Cocceius encontrou Cristo em todos os lugares do Antigo Testamento e Hugo Grotius não o encontrou em lugar algum.
Ele ensinou que antes e depois da queda do homem, a relação entre Deus e o homem era uma aliança. A primeira aliança era uma Aliança de Obras. Para isso foi substituída, após a queda, a Aliança da Graça, necessitando da vinda de Jesus para seu cumprimento. Ele possuía visões milenaristas e foi o fundador de uma escola de teólogos chamados "cocceianos". Seu aluno mais ilustre foi Campeius Vitringa.
Seu principal trabalho foi o Lexicon et commentarius sermonis hebraici et chaldaici (1669), que foi frequentemente republicado. Sua teologia é totalmente exposta em sua Summa Doctrinae de Foedere et Testamento Dei (1648), onde ele elaborou o que seria considerado uma perspectiva bíblico-teológica e histórico-redentora para apresentar a Teologia da Aliança. Esse procedimento "cocceiano", conhecido hoje como "teologia bíblica", foi colocado contra a abordagem analítica "doutrina por doutrina" de seus contemporâneos na Holanda, especialmente, Voetius.
Por mais de meio século, a teologia bíblica de Cocceius e a teologia sistemática de Voetius provocaram controvérsia na igreja da Holanda, cada lado tentando provar os erros e a ilegitimidade do outro. Como expoente da teologia federal, Cocceius foi tacitamente influenciado por seus professores em Bremen: Matthias Martinius e Ludwig Crocius.
Outros trabalhos incluem Versio Latina Mischnæ cum Excerptis ex Gemara Tractatuum Synhedrin et Makkot (1629), Judaicarum Responsionum et Quæstionum Consideratio (1662) e Tractatus Makkot Versio Latina (em Surenhusius, Versio Latina Mischnæ et Commentationum Maimonidis et Obadjæ) (1698-1703).
Suas obras completas foram publicadas em 12 volumes em fólio (Amsterdã, 1673–1675).
Duo tituli Thalmudici Sanhedrin et Maccoth, Johann Janssonius, Amsterdam 1629.
Commentarius in Librum I. Iobi. Balck, Franeker 1644. (Online)
Summa doctrinae de foedere et testamento Dei. Elsevir, Leiden 1648 und 1654. (Online)
Sanctae Scripturae Potentia. Elsevir, Leiden 1655. (Online)
ndagatio naturae Sabbati et quietis Novi Testamenti. Elsevir, Leiden 1658. (Online)
Epistolae ad Hebraeos explicatio et veritatis eius demonstratio. Elsevir, Leiden 1659. (Online)
Opera omnia, 8 Bände, Amsterdam 1669–1675, Frankfurt a. M. 1689, Amsterdam 1701.
Lexicon et commentarius sermonis Hebraici et Chaldaici, Johannis van Someren, Amsterdam 1669, Wustius, Frankfurt/Main 1689, Frankfurt/Main und Leipzig 1714, und Weygand, Leipzig 1777. (Online)
Explicatio catecheseos Heydelbergensis, 1669?.
Opera Johannis Coccei Dum Viveret In Academia Lugduno-Batava S.S. Theologiae Professoris, Amsterdam 1673.