Manuel Joaquim Fernandes de Barros (Penedo, 17 de março de 1802 — Bahia, 2 de outubro de 1840) foi um médico e político brasileiro.
Foi presidente da província de Sergipe, de 6 de dezembro de 1835 a 9 de março de 1836.
Doutor em medicina pela universidade de Estrasburgo, com a tese De Factionde vair sur l´homme, defendida em 28 de agosto de 1825, e também doutor em ciências físicas pela faculdade de Paris, com a tese Dissertation sur la météorologie, defendida em 12 de fevereiro de 1827.
Colégio Brasileiro de Genealogia. Sergipe - Governadores e Presidentes da Província (1821 – 1889). Subsídios Biográfico-genealógicos
Fala com que abriu a 2ª sessão ordinária da Assembléia Provincial o vice-presidente da província de Sergipe dr. Manuel Joaquim Fernandes de Barros, em 1836