São Borja é um município brasileiro da região Sul, localizado no estado do Rio Grande do Sul. A cidade foi fundada em 1682 pelos padres jesuítas, a primeira cidade dos Sete Povos das Missões. São Borja tem a civilização mais antiga do estado, e uma das mais antigas do Brasil, sendo povoada ininterruptamente desde sua fundação. Situa-se na fronteira oeste do estado, sendo banhada pelo rio Uruguai, que é a fronteira natural com a cidade de Santo Tomé localizada na província de Corrientes, na Argentina.
A lei estadual 13.041/2008 declarou oficialmente São Borja "Terra dos Presidentes", por ser cidade natal de dois ex-presidentes do Brasil: Getúlio Vargas e João Goulart.
Antigamente a cidade foi conhecida também como a Capital do Linho, devido ao forte cultivo da planta no município nas décadas do início do século XX, além disso, o município é um dos maiores produtores de arroz da região sul.
Em meados do século XVII, São Borja foi o primeiro dos chamados Sete Povos das Missões da Companhia de Jesus, que abrigou a nação guarani e foi o lar de Sepé Tiaraju.
São Borja foi fundada em 1687 pelo jesuíta espanhol Francisco Garcia. O nome é homenagem a São Francisco de Borja, que foi o 3º geral ("general") da ordem dos jesuítas. Por estes motivos é que o brasão da cidade ostenta, em campo vermelho (evocativo da terra vermelha das Missões e do sangue guarani), uma Cruz de Lorena em ouro.
No início eram apenas 195 habitantes, oriundos da redução de São Tomé, foi a primeira reduções dos Sete Povos das Missões. Em 1707, contava com 2.814 habitantes.
A adoção a Cruz de Caravaca, também conhecida como Cruz de Lorena e Cruz de Borgonha, é uma relíquia cristã de origem espanhola utilizada pelos jesuítas. Nas Missões pode ser vista em vários locais da região missioneira, inclusive nas Ruínas de São Miguel das Missões, principal sítio histórico dos Sete Povos das Missões.
O maior combate de todos os tempos ocorrido na América do Sul, a Guerra do Paraguai, tem um de seus capítulos escritos no município. Já em domínio Português, no ano de 1865, homens da Vila São Francisco de Borja resistiram a um exército numeroso até chegar como tropas imperiais, tornando-se símbolos da valentia e resistência, verdadeiros heróis da Pátria.
Linha do tempo da divisão administrativa
13 de outubro de 1817 – Elevação da povoação de São Francisco de Borja à categoria de vila, com criação do município.
21 de abril de 1834 – Instalação oficial do município.
2 de maio de 1846 – Criação do distrito de São Francisco de Borja pela Lei Provincial n.º 26.
12 de dezembro de 1887 – Elevação da vila à categoria de cidade pela Lei Provincial n.º 1.614..
10 de novembro de 1891 – Criação do distrito de Santo Antônio por Ato Municipal n.º 1.
10 de outubro de 1902 – Criação dos distritos de Iguariaçá, Itacurubi, Camaquã e Garruchos por Ato Municipal n.º 1.
1933 – O município era composto por seis distritos: São Borja, Camaquã, Garruchos, Iguariaçá, Itacurubi e Santo Antônio.
31 de março de 1938 – O Decreto Estadual n.º 7.199 reorganizou a divisão administrativa do município, reduzindo-a aos distritos de São Borja e Garruchos. O distrito de Iguariaçá foi extinto e incorporado ao distrito-sede, enquanto Itacumbi, Itaroquém e Treze de Janeiro passaram à condição de zonas administrativas.
1939–1948 – Município constituído pelos distritos de São Borja e Garruchos.