D. Sebastião (Lisboa, 20 de janeiro de 1554 – 4 de agosto de 1578, Alcácer Quibir ), foi Rei de Portugal e dos Algarves de 1557 até sua morte. Era o único filho legítimo de João Manuel, Príncipe Herdeiro de Portugal, e de sua esposa, filha do Imperador Carlos V, Joana da Áustria.
Ascendeu ao trono aos três anos de idade, após a morte de seu avô, o rei João III, sendo instaurada uma regência durante a sua menoridade, primeiro por sua avó, a rainha Catarina e, depois, por seu tio-avô, o cardeal Henrique. Foi o primeiro e último Grão-Mestre da Ordem de Cristo a herdar o título perpetuamente, segundo a Bula Proclara Claerissima de 1551, dada a seu avô D. João III, três anos antes do seu nascimento.
No dia 5 de agosto de 1978, o seu cadáver foi encontrado despido e abandonado perto do rio Lucus ( Mocassim) e identificado por nobres fidalgos portugueses cativos, e pelo corregedor da corte Belchior Amaral que, certificou o óbito e enterrou o corpo em casa do Alcaide, de onde mais tarde seria transladado para Ceuta e, posteriormente, para o Mosteiro dos Jerónimos. A notícia da morte do rei só chegaria a Lisboa 20 dias mais tarde. A ansiedade de perder a independência levou o povo e inclusive homens eruditos a acreditar no regresso do rei como salvador e a desacreditar na sua morte: a vinda do "Encoberto" criaria o mito Sebastianista.
D. Sebastião assumiu o governo aos catorze anos de idade, no ano de 1568, manifestando grande fervor religioso e militar. A pedido do Papa Gregório XIII iniciou em 1572 esforços para travar os planos turcos de obter controlo sob a Cristandade, começando por defender os interesses portugueses no Norte de África.
A derrota na Batalha de Alcácer-Quibir, em 1578, também conhecida como A Batalha dos Três Reis, por nela terem perdido a vida três monarcas: além do rei português, também dois príncipes mouros pereceram, sendo o resultado um tremendo desastre político para Portugal.
Foi o último rei da Monarquia portuguesa a ser canonicamente legitimado pela Igreja.
D. Sebastião era filho de D. João Manuel, Príncipe de Portugal e de Joana de Áustria. Os seus avós paternos eram o rei de Portugal João III e a rainha D. Catarina. Seus avós maternos eram o imperador Carlos V e a sua esposa Isabel de Portugal. Isabel era irmã de D. João III, e Carlos V era irmão de Catarina.
D. João Manuel morreu em 2 de janeiro de 1554, com 16 anos, deixando todo o reino em sobressalto, pois Sebastião ainda estava no ventre da sua mãe. D. João Manuel foi o único filho sobrevivente dos nove que João III havia tido, e a sucessão do reino passou a depender do sucesso do parto.
O problema que ocorria em Portugal não era a falta de herdeiros, mas por causa do contrato de casamento de D. Maria Manuela, irmã do príncipe defunto, com Filipe II de Espanha, pelo qual, caso não houvesse sucessores, o reino passaria ao filho desta união, Carlos, ocorrendo a união com Castela, que os portugueses sempre abominaram.
O arcebispo de Lisboa, D. Fernando de Meneses Coutinho e Vasconcelos, ordenou que, assim que começassem as dores de parto, avisassem a Sé, para que fosse feita uma procissão de fé. Dezoito dias depois da morte do príncipe, a princesa começou a sentir as dores, na noite do dia 19 para o dia 20 de janeiro. De madrugada chegou o aviso, e o povo que afluiu à Igreja de São Domingos foi tamanho que várias pessoas ficaram de fora, indo padres a pregar do lado de dentro e outros a pregar do lado de fora.
Na manhã do sábado, dia 20 de janeiro de 1554, nasceu o príncipe, e foi dada a notícia do nascimento, recebida com orações de agradecimento a Deus.
Em 27 de janeiro, ao oitavo dia, ele foi batizado pelo Cardeal D. Henrique, irmão do rei D. João III, e recebeu o nome de Sebastião por causa de ter nascido no dia de São Sebastião, sendo seus padrinhos o rei e a rainha, seus avós. Em virtude de ser um herdeiro tão esperado para dar continuidade à Dinastia de Avis, ficou conhecido como O Desejado; alternativamente, é também memorado como "O Encoberto" ou "O Adormecido", devido à lenda que se refere ao seu regresso numa manhã de nevoeiro, para salvar a nação.
Com dois anos de idade, seu avô, o rei, enfermo, chamou-o à sua presença, para brincar. Quando o rei pediu água, trouxeram dois copos, um, fechado, para o rei e outro aberto para D. Sebastião. Vendo isto, o menino começou a chorar, querendo um copo como o do avô, que comentou "Cedo quereis reinar". No ano seguinte, a 11 de junho de 1557, morre D. João III. e D. Sebastião tornou-se Rei com três anos, quatro meses e vinte e dois dias de idade.
Durante a sua menoridade, a regência foi assegurada primeiro pela sua avó, a rainha D. Catarina, viúva de D. João III, e depois pelo tio-avô, o cardeal D. Henrique, (23 de dezembro de 1562-1568). Neste período, depois da aquisição de Macau no ano de 1557 e Damão em 1559, a expansão colonial foi interrompida. A premência era a conjugação de esforços para preservar, fortalecer e defender os territórios conquistados.
Durante a regência de D. Catarina e do cardeal D. Henrique e o curto reinado de D. Sebastião, a Igreja continuou a sua ascensão ao poder. A actividade legislativa centrou-se em assuntos do foro religioso, como, por exemplo, a consolidação da Inquisição e sua expansão até à Índia, a criação de novos bispados na metrópole e nas colónias. A única realização cultural importante foi o estabelecimento de uma nova universidade em Évora — e também aqui a influência religiosa na corte se fez sentir, pois foi entregue aos Jesuítas.
Investiu-se muito na defesa militar dos territórios. Na rota para o Brasil e a Índia, os ataques dos piratas eram constantes e os muçulmanos ameaçavam as possessões em Marrocos, atacando, por exemplo, Mazagão em 1562. Procurou-se assim proteger a marinha mercante e construir ou restaurar fortalezas ao longo do litoral.
Em 1567, autorizou a fundação da cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro, batizada em sua homenagem (atual cidade do Rio). Em 1573, fez desta mesma cidade capital da Repartição Sul da América Portuguesa.
Os bastiões no Norte de África, pouco interessantes em termos comerciais e estratégicos, eram autênticos sorvedouros de dinheiro, sendo necessário importar quase tudo, além de que, sujeitos a constantes ataques, custavam muito em armamento e homens. Assim, Filipe II, em 1589, viria prudentemente a devolver aos mouros Arzila, oferecida a D. Sebastião em 1577 por Mulei Maomé.